基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法专利登记公告

专利名称：基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法

摘要：本发明公开了一种基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，包括：初始化GPU的块大小为Bs，并确定线程数量为N，用户输入的待查询序列Q的长度为qlen，GPU在共享内存中建立分值缓冲区score[Bs]和比对结果缓冲区val[Bs*17][2]，GPU初始化线程号为tid，score[]为零，val[][]为零，缓冲器标记p＝1，段计数器s＝0，线程号tid小于线程数量N的所有线程在纹理内存中查找相应的数据库序列，并将数据库序列的序列号sid设置为线程号tid，设置计数器i＝0，每个线程分别取出相应数据

专利类型：发明专利

专利号：CN201210060480.1

专利申请（专利权）人：华中科技大学

专利发明（设计）人：金海;郑然;冯晓文;梁添

主权项：一种基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，包括以下步骤：初始化GPU的块大小为Bs，并确定线程数量为N，用户输入的待查询序列Q的长度为qlen；GPU在共享内存中建立分值缓冲区score[Bs]和比对结果缓冲区val[Bs*17][2]；GPU初始化线程号为tid，score[]为零，val[][]为零，缓冲器标记p＝1，段计数器s＝0；线程号tid小于线程数量N的所有线程在纹理内存中查找相应的数据库序列，并将数据库序列的序列号sid设置为线程号tid；设置计数器i＝0；每个线程分别取出相应数据库序

专利地区：湖北